События игры происходят примерно за 50 лет до событий первой части. В 1900 году Америка, находясь на высоком технологическом развитии, построила большой летающий город, Колумбию, который должен был стать гордостью американской нации и большим чудом среди человеческих изобретений. Однако, через некоторое время, в городе произошло восстание, Колумбия вышла из под контроля и исчезла из поля зрения.

Протагонистом игры является бывший сотрудник «Детективного агентства Пинкертона», Букер ДеУитт. В 1912 году к нему обращается некий человек, знающий местоположение Колумбии, и за высокий гонорар просит его освободить оттуда девушку по имени Элизабет, обладающую сверхъестественными способностями. Они должны выбраться из города, вместе противостоя разнообразным врагам.